Development, production and clinical use of therapeutic phages to treat infections due to antibiotic resistant bacteria

Le projet PHAG-ONE, financé dans le cadre du Programme d’Investissement d’Avenir et porté par les Hospices Civils de Lyon (HCL), est un projet novateur et ambitieux qui a pour objectif de structurer la première plateforme publique française de phagothérapie. PHAG-ONE a débuté le 08 septembre 2021 avec une réunion de lancement où étaient présents les 10 partenaires et les représentants des principales tutelles du projet (HCL, Université Lyon 1, CIRI, INSERM, CNRS).

Les premiers travaux menés ont permis de développer les outils nécessaires à l’isolement de bactériophages, puis à leur caractérisation génétique (NGS, analyse GWAS) et à la détermination de leur spectre d’activité en lien avec les collections du CNR des staphylocoques (WP1-F. Laurent, HCL-Lyon) et du CNR résistance aux antibiotiques (WP1-L. Dortet, Université Paris-Saclay). Ainsi, 17 phages anti-Staphylococcus aureus, 11 phages anti-Staphylococcus epidermidis et 19 phages anti-Escherichia coli ont été isolés et génétiquement caractérisés. Des résultats préliminaires montrent que ces phages sont efficaces sur un large panel de clones prévalents et multi-résistants des espèces cibles. Par ailleurs, un procédé d’évolution dirigée a été développé afin d’élargir spécifiquement le spectre d’activité d’un phage. Cette approche a été utilisée avec succès pour des phages anti-S. aureus (WP1-F. Laurent, CIRI-HCL) et est en cours de validation pour des phages anti-E. coli (WP1-R. Froissart, CNRS Montpellier).

Ces résultats prometteurs ont permis d’initier le développement des procédés pharmaceutiques de production (WP2-M. Medina, CIRI-Lyon), de purification et de contrôle qualité des premiers phages thérapeutiques anti-S. aureus (WP3-F. Pirot, FRIPharm-Lyon). Ces travaux, mis en œuvre au sein de la plateforme pharmaceutique FRIPharm s’inscrivent dans une démarche qualité fidèle aux respects des exigences des instances réglementaires du médicament (ANSM, EMA).

La validation finale du modèle cunicole tissu-cage pour la réalisation des tests d’efficacité est en cours (WP4-F. Valours, CIRI-Lyon).

Le protocole d’une étude clinique de cohorte, nommée PHA-SA-CO (PHAGE-SAFETY-COHORT-STUDY), a été finalisé et soumis au CPP (WP6-T Ferry, HCL-Lyon). L’étude débutera probablement d’ici l’été 2022.

De son coté, C. Brives (WP7, CED-Bordeaux) a initié les travaux d’épistémiologie et socio-anthropologie du projet par l’exploration du contexte lyonnais, ainsi qu’un état des lieux des pratiques de phagothérapie en France.

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